Los eventos de la película tienen lugar después del arco de la Agencia Endeavour.
La Liga de Villanos está siendo perseguida por Endeavour y Hawks, mientras se aleja en un camión que transporta una carga misteriosa. Después de destruir el camión, a pesar de no poder detener a los miembros de la Liga, los héroes encuentran una cápsula de soporte vital vacía. El hombre dentro, Nine, un villano, se ha escapado y se reagrupa con su equipo de villanos, planeando crear una sociedad donde aquellos con fuertes Quirks gobiernen sobre aquellos que sean débiles. La clase 1-A de la Academia U.A. ha sido enviada a la remota isla de Nabu como parte de un programa de seguridad. Izuku Midoriya, el usuario de One for All, conoce a Mahoro Shimano y a su hermano Katsuma, residentes de la isla. Uniéndose a ellos junto con su rival Katsuki Bakugo, descubren que Katsuma desea convertirse en un héroe, pero Mahoro busca disuadirlo, creyendo que su Quirk no es adecuado para lograr su objetivo.